Flüsse und andere Fließgewässer, wie natürliche Bäche, Gräben und Sielzüge, sind die landschaftsprägenden Lebensräume der Flusslandschaft. Vor allem die namensgebenden Flüsse Eider, Treene und Sorge charakterisieren die Region. Wie die meisten Lebensräume dieser Kulturlandschaft wurden aber auch die Flüsse durch menschliche Eingriffe im Laufe der Jahrhunderte stark verändert und haben hierdurch teilweise ihren Fließgewässercharakter verlorenen (z.B. Alte Sorge-Schleife). Als naturnahes Fließgewässer ist nur die Treene im Oberlauf zu bezeichnen. Fast alle anderen natürlichen Fließgewässer in der Region wurden durch Menschenhand (anthropogen) verändert (siehe Landschaftsgeschichte).
Nichtsdestotrotz haben einige Gewässerabschnitte eine europaweit herausragende ökologische Bedeutung und wurden in das Schutzgebietsnetz NATURA 2000 aufgenommen. Die Alte Sorge-Schleife und die obere und mittlere Treene wurde sogar für Naturschutzgroßprojekte des Bundes ausgewählt.